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メッセージファイルのファイル構成が変更されています。旧構成でも新機能を使わない限り運用可能ですが、新構成に切り替えるにはservices.xmlのshibboleth.MessageSourceResourcesを/opt/shibboleth-idp/dist/conf/services.xml.distを参考に更新してください。その際、idp.logoなど従来の3ファイルに加えていた変更を/opt/shibboleth-idp/messages/messages.propertiesに追記して変更を維持してください。
3.3.0以降向けの日本語メッセージファイルも Shibboleth IdP 3 - メッセージの多言語化 のリンク先から提供されています。これまで通り のリンク先から提供されています。/opt/shibboleth-idp/messages/以下に配置しても利用できますが、3以下に配置して利用してください。すでに同名のファイルが存在する場合はマージしてください。が、3.3.0以降での手順では/opt/shibboleth-idp/system/messages/以下に配置するようになっています。
3.2でのattribute-filter.xmlに続き、3.3ではattribute-resolver.xmlで名前空間のフラット化（resolver:やdc:等の除去）が行われております。ただし従来の記法も使えますので、アップデートに際して書き換えなくても大丈夫です。
フラット化に関して言うと、以下の手順でお手持ちのattribute-resolver.xmlをフラット化することができます。
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