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shibboleth2.xmlに accessError.html および syslog.logger への参照がないことを確認してください。参照している場合は、ファイルが編集されている（.distを付加したファイルと同一でない）ことを確認してください。
参照されておりかつ編集されていない場合、アップデートで当該ファイルが削除され問題が発生する可能性があります。編集された状態のものは削除されませんので、コメントを挿入しておくなどして対処してください。
同様に、attribute-map.xmlが編集されていない場合、かつ属性 unscoped-affiliation (eduPersonAffiliation) を使っており最新バージョンが3.0.2である場合は、アップデート後にunscoped-affiliationの受け渡しに失敗するようになりますので、編集（コメントを挿入しておくなど）して対処してください。
2. SPアップデート後の作業
2.1. 不要なパッケージの削除
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