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Shibboleth　SPのログは以下に出力されます。
/var/log/shibboleth/{shibd.log, shibd_warn.log}
　　SPに関する、SAML関連、Metadata関連、セキュリティ関連のログです。通常は、こちらのログを参照ください。
/var/log/

messages
　　Apacheモジュールmod_

shibのログです。shibd.logでは情報が足りない場合は、こちらのログを参照ください。多数のログが混ざっているので、"shibboleth:"を目印に探してください。
　　（SP 2.5.3およびそれ以前からアップデートして使っている場合は/var/log/httpd

/以下に出力されているかもしくは出力に失敗している場合があります。SP 2.6からアップデートして使っている場合は/var/log/shibboleth-www/以下に出力されている場合があります。最新版にアップデート後 /etc/shibboleth/native.logger.dist を参考にして出力先を上記に変更してください。）
/var/log/shibboleth/transaction.log

　　SPのトランザクションに関するログです。セッションの開始や終了、属性情報等が含まれます。

なお、これらログファイルに関する設定は、/etc/shibboleth/{shibd.logger , native.logger} にあります。