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新しい署名鍵で署名されたメタデータがダウンロードされているか、保存されたメタデータファイル（/var/cache/shibboleth/federation-metadata.xmlもしくはshibboleth2.xmlの<MetadataProvider>のbackingFilePathで指定されたパス）を確認してください。
まず、ファイルの更新日時を確認し、上記再起動コマンド実行より後であることを確認してください。
次に、メタデータファイルの先頭から検索し、最初にマッチする</ds:X509Certificate>の直前の行が以下のようになっていれば成功です。

$ grep -B 1 "/ds:X509Certificate" /var/cache/shibboleth/federation-metadata.xml | head -n 2
nwU/H9ROp1cl
</ds:X509Certificate>

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After a sufficient amount of time, please make sure that the signed metadata with the new signing key is downloaded.
It is success that just before the first match "</ds:X509Certificate>" of the GakuNin metadata backing file (/var/cache/shibboleth/federation-metadata.xml or similar) is as follows:

$ grep -B 1 "/ds:X509Certificate" /var/cache/shibboleth/federation-metadata.xml | head -n 2
nwU/H9ROp1cl
</ds:X509Certificate>

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