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sudo rmdir /etc/shibboleth/metadata/
また、事前準備後shibdを再起動していたら、もし、事前準備後shibdを再起動していたら、/var/run/shibboleth/以下にバックアップファイルが作成されています。しかしアップデート後は/var/cache/shibboleth/以下にバックアップファイルが作成されてます。こちらも紛らわしくないように削除しておきましょう。以下が使われているはずです。こちらも紛らわしくないように削除しておきましょう。
sudo rm /var/run/shibboleth/federation-metadata.xml*
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