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IdPの設定で複数のLDAPツリー、或いはLDAPサーバを参照する例がShibboleth Wiki:LDAPAuthnConfigurationの"DNResolution"の項にあります。
LDAPサーバが一台のみで複数のLDAPツリーがサブツリーの関係にある環境ではにあります。LDAPサーバが一台のみで複数のLDAPツリーがサブツリーの関係にある環境ではldap.propertiesのみの変更で対応が可能です。idp.authn.LDAP.baseDNのサブツリーを検索するようidp.authn.LDAP.subtreeSearchとidp.authn.LDAP.userFilterを設定します。
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