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/opt/shibboleth-idp/以下に存在しないファイル/ディレクトリはアップデート時に自動的に作成されますが、インストール後修正したファイルのほか、修正していないファイルも一切上書きはされませんので、新バージョンの内容を適宜反映してください。各自で修正していないファイルはdist/以下のファイルをファイル名末尾の.distを省いたもので上書きする、各自で修正したファイルは新バージョンでの変更点をマージする形になります。

反映しない場合、旧来の機能は変わらず動作することが保証されますが、新バージョン以降の新機能が（デフォルトで有効な場合と有効化した場合いずれも）正しく動作することが保証されません。このため、将来的な新機能利用も見据えて、アップデート後でもかまいませんのでなるべく早く反映するようにしてください。

2016年11月21日以前の技術ガイドに沿って構築した場合、設定ファイルのパーミッションに問題がありアップデート後に正常に起動しない可能性があります。以下にならってパーミッションを修正した上でアップデートを適用してください。

# find /opt/shibboleth-idp/conf -type d -exec chmod g+s {} \;
# chown tomcat:root /opt/shibboleth-idp/credentials/server.key
# chmod 400 /opt/shibboleth-idp/credentials/server.key

1行目の修正点は、アップデート時に新規ファイル/ディレクトリが作成される場合も適切なowner/groupを維持するためのものです。
2,3行目は、server.key（に限らずcredentials/以下の.keyで終わるファイル）はアップデートプロセスによりrw-------に強制されるので、ownerがrootでかつtomcatユーザで運用していると動作しなくなることに対する対処です。