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※Apacheではクライアント証明書が認識されているがその情報がTomcatに伝わっていない場合、/usr/java/tomcat/conf/server.xmlの8009番ポートConnectorにtomcatAuthentication="false"が設定されていることを確認してください。
参考: jdk 7、tomcat 7をインストールする

証明書認証の詳細IdPv3の証明書認証の詳細: Shibboleth Wiki: X509AuthnConfiguration