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3.3.1にて、relying-party.xmlのp:defaultAuthenticationMethodsで従来使えていた記法が使えなくなったとの情報があります。SAML2SSOConfigurationの下方の例(Examples of defaultAuthenticationMethods property)等を参照して記述を修正してください。
3.3.1へのアップデートで system/messages/ に配置した日本語リソースが削除されるとの情報があります。お手数ですが再度配置してください。 に配置した日本語リソースが削除されるとの情報があります。お手数ですが messages/ に再度配置してください。
詳細: GakuNinShare:Shibboleth IdP 3 - メッセージの多言語化
詳細: Shibboleth Wiki:MessagesTranslation のコメント欄
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