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ここに書いていた手順は機能しないことが判明しました。CentOS 7については、Red Hatが提供している標準パッケージのXerces-Cライブラリのバージョンが3.1.1である（2018年1月現在バックポートもされていない）ため、DTDを無効化するために必要なXerces-Cライブラリのバージョンが3.1.4以上であることを満たせません。Shibboleth SPバージョン3以降はShibboleth独自パッケージを利用している（下記CentOS SPバージョン3以降向けにはShibboleth独自パッケージを提供している（下記CentOS 6と同じ状況である）ため、バージョンアップすることを強く推奨します。
⇒SPv3アップデートに関する情報

一方CentOS 6については、Shibboleth SP 2.6.0以上であれば自動的にDTD無効化されるため特殊な作業は必要ありません。

誤った情報を提供しておりましたことをお詫びします。