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shibboleth2.xmlに accessError.html および syslog.logger への参照がないことを確認してください。参照している場合は、ファイルが編集されている（.distを付加したファイルと同一でない）ことを確認してください。
参照されておりかつ編集されていない場合、アップデートで当該ファイルが削除され問題が発生する可能性があります。編集された状態のものは削除されませんので、コメントを挿入しておくなどして対処してください。
2. SPアップデート後の作業
2.1. 不要なパッケージの削除
libsaml, libxmltooling, libxml-security-c, liblog4shibが合わせてバージョンアップしパッケージ名が変更になっています。また、CentOS 7ではBaseリポジトリのxerces-cパッケージを使用していたものが独自のlibxerces-c-3_2パッケージを使用するようになっています。古いバージョンは削除されないようなので、他で使っていなければ削除してしまいましょう。
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2.2. 不要なファイルの削除
2.xで/var/log/shibboleth-www/以下に出力されていたログは3.0では/var/log/messagesに出力されるようになりました。既存のログファイルに有益なものはないと思いますので削除してかまいません。
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2.3. shibboleth2.xmlの新形式への移行
shibboleth2.xmlがv2とv3で唯一異なる形式を持つファイルです（次に示すsecurity-policy.xmlを除いて）。SP v3でも旧形式のファイルを読み込むことは可能ですがいずれサポートされなくなりますので新形式に移行する手順をご紹介します。
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2.4. security-policy.xmlが新形式へ移行していることの確認
これもv2からv3で形式が変わったファイルですが、ほとんどの場合編集の必要がないため自動的に新形式に移行されているはずです。security-policy.xmlとsecurity-policy.xml.distを比較して差分がないことを確認してください。差分がある場合は必要な変更をマージしファイル先頭の名前空間指定を2.0から3.0に修正してください。
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2.5. transaction.log新フォーマットへの移行
これは必須ではありませんが、SP 3から/var/log/shibboleth/transaction.logに新フォーマットが導入され従来より見やすくなっております。アップデートした場合には自動的に移行はされませんので、以下の手順で移行してください。
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