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/opt/shibboleth-idp/以下に存在しないファイル/ディレクトリはアップデート時に自動的に作成されますが、インストール後修正したファイルのほか、修正していないファイルも一切上書きはされませんので、新バージョンの内容を適宜反映してください。各自で修正していないファイルはdist/以下のファイルをファイル名末尾の.distを省いたもので上書きする、各自で修正したファイルは新バージョンでの変更点をマージする形になります。以下のファイルで上書きする、各自で修正したファイルは新バージョンでの変更点をマージする形になります。

反映しない場合、旧来の機能は変わらず動作することが保証されますが、新バージョン以降の新機能が（デフォルトで有効な場合と有効化した場合いずれも）正しく動作することが保証されません。このため、将来的な新機能利用も見据えて、アップデート後でもかまいませんのでなるべく早く反映するようにしてください。