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4.1からはidp.propertiesの記述が別の複数のファイルに分割記述されるようになりました。ただし4.0.x以前からのアップデートの場合はそれらの記述は適切に無視されます。4.1流にプロパティを分散記述する場合は、idp.propertiesにある重複を排除した上でidp.searchForPropertiesをtrueに設定してください。詳しくは dist/conf/idp.properties の冒頭のコメントを参照してください。
4.1の書式に書き換える例: https://shibboleth.atlassian.net/wiki/spaces/KB/pages/1469908146/Example+4.1+Upgrade
4.0.1までには属性値ハッシュ計算の問題で属性値が複数ある場合変更されていないのに再同意を求める問題（idp.consent.compareValues=trueの場合の問題）があるようです。本運用環境を移行する場合にはご注意ください。4.1.0で修正されました。
https://issues.shibboleth.net/jira/browse/IDP-1660
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