CentOS等、yumコマンドによりインストールした環境では以下のコマンドで簡単に最新版にアップデートできます。

$ sudo yum update (もしくはsudo yum update shibboleth)

アップデート後、httpdおよびshibdが再起動されていることを確認し、再起動されていなければ手動で再起動してください。

$ sudo /sbin/service shibd restart
$ sudo /sbin/service httpd restart