以下のスクリプトはIdPバージョン2時代のものでありIdPv3では未検証です。またJava 7向けのものです。動作報告をお待ちしております。

異なるツリー上の情報をスクリプトで取得する方法、ならびにツリーごとに取得する属性を変える方法について、attribute-resolver.xmlのスクリプト中で以下のように記述できます。

各属性の値は、JavaScript(ECMAScript)の構文中で文字列のリストのような形で扱うことができます。
https://wiki.shibboleth.net/confluence/display/IDP30/ScriptedAttributeDefinition

例:
ActiveDirectoryのドメイン:example.ac.jp
ツリー1:Account/tree1/  ユーザアカウント:users1
ツリー2:Account/tree2/  ユーザアカウント:users2

 ↓

アカウントのツリー情報は、属性「distinguishedName」に
以下の形式で格納されています。
#OU以降がツリー情報です。

CN=users1,OU=tree1,OU=Account,DC=example,DC=ac,DC=jp
CN=users2,OU=tree2,OU=Account,DC=example,DC=ac,DC=jp

下記のスクリプトでは、スクリプト中で「distinguishedName」という属性の情報を取得し、文字列を比較してツリー情報を取っていま す。またtree1のアカウントは「attr1」属性、tree2のアカウントは「attr2」属性をeduPersonAffiliationの値とし て返しています。
 
attribute-resolver:

<resolver:AttributeDefinition id="eduPersonAffiliation"
         xsi:type="Script" xmlns="urn:mace:shibboleth:2.0:resolver:ad"
        sourceAttributeID="eduPersonAffiliation">
 <resolver:Dependency ref="myLDAP-AD" />
<!-- snip -->
  <Script>
   <![CDATA[
    importPackage(Packages.edu.internet2.middleware.shibboleth.common.attribute.provider);

    // Create attribute to be returned from definition
    eduPersonAffiliation = new BasicAttribute("eduPersonAffiliation");

    // Get attribute
    if (typeof distinguishedName != "undefined" && distinguishedName != null) {
     for (i = 0; distinguishedName != null && i < distinguishedName.getValues().size(); i++) {
      tree = distinguishedName.getValues().get(i);

      // tree1
      if (tree.indexOf("OU=tree1,OU=Account,DC=example,DC=ac,DC=jp") > 0) {
        if (typeof attr1!= "undefined"
                              && attr1!= null
                              && attr1.getValues().size()> 0) {
          eduPersonAffiliation.getValues().add(attr1.getValues().get(0));
         }
      }

      // tree2
      if (tree.indexOf("OU=tree2,OU=Account,DC=example,DC=ac,DC=jp") > 0) {
        if (typeof attr2!= "undefined"
                              && attr2!= null
                              && attr2.getValues().size()> 0) {
          eduPersonAffiliation.getValues().add(attr2.getValues().get(0));
        }
      }
    } //for
   } // if
 ]]>
  </Script>
</resolver:AttributeDefinition>