ここでは2つの方法をご紹介します。

1. 複数台LDAPサーバ向けのLDAPプロキシサーバを使用する

複数台のLDAPサーバ向けにLDAPプロキシサーバを設置し、IdPにはLDAPプロキシサーバを参照させます。
使用するLDAPプロキシサーバの設定方法について、まとめられた資料があります。資料はCentOS 5系で記載されたものであるため、利用するバージョンに合わせて適宜読み替える必要があります。

プロキシサーバを構築する際、ログイン画面で入力するID(Shibboleth内部ではprincipalと表現されます)について、同一のIDが複数のLDAPツリー上に存在しないことを確認してください。同一のIDが存在する場合には、属性取得で問題が発生します。uidがこの条件を満たさない場合は、メールアドレスや学籍番号・教職員番号等、他のLDAP属性を使うことを検討してください。

2. IdPの設定ファイルで複数台LDAPサーバを指定する

IdPの設定で複数のLDAPツリー或いは複数のLDAPサーバを参照する例がShibboleth Wiki:LDAPAuthnConfigurationの"DNResolution"の項にあります。最初の例("Single Directory with multiple branches"の"Extensible Matching")はLDAPサーバが一台のみで検索すべき複数のLDAPツリーがサブツリーの関係にある環境向けで、ldap.propertiesのみの変更で対応が可能です。idp.authn.LDAP.baseDNのサブツリーを検索するようidp.authn.LDAP.subtreeSearchidp.authn.LDAP.userFilterを設定します。

次の2つの例("Single Directory with multiple branches - Aggregate DN Resolver"および"Multiple Directories")は複数のLDAPツリーがサブツリーとして扱えない環境、或いはLDAPサーバが複数の環境向けで、ldap.propertiesldap-authn-config.xmlを変更します。
LDAPサーバ/LDAPツリーの数に応じて、ldap.properties内の項目を追加してauthn-ldap-config.xmlでそれらを参照するようにします。
また、これらの例は認証処理のための設定なので、SPへ送出する属性をLDAPから取得している場合はattribute-resolver.xmlを変更し、ldap.propertiesに追加した項目を参照するLDAP DataConnectorを追加します。

attribute-filter.xmlの変更はDataConnector "myLDAP" にデータが見つからない場合エラーとして扱うようにし、フェイルオーバー処理としてDataConnector "myLDAP2" から改めてデータを検索する設定になります。

1つ目の方法と同様、同一のIDが複数のLDAPツリー上に存在すると問題になりますので、uidがこの条件を満たさない場合は他のLDAP属性をID(principal)として使うようにしてください。