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なお、本件は暗号化した場合特有の問題で、暗号化しない場合は単一ファイル(.zip)としてダウンロードしても問題ありません。ただし、この場合でもお使いのパソコンの環境によっては文字化けしてしまう場合があります。NII FileSenderはファイル名をUTF-8でエンコーディングしてZIPファイルを作成しますが、例えばWindows7以前の古いOSでは正しく解凍できません。Windows8以降では標準のエクスプローラーで解凍することができますが、UTF-8に対応していない古いLhaplusなどの解凍ソフトウェアを使った場合、文字化けする可能性があります。
⇒ 2022年12月6日のアップデートで解消されました。
ただし、お使いのブラウザに古い情報がキャッシュされていると有効になりません。不具合が残っている場合はページの強制リロードを行ってください。