2013年6月12日実施のバージョンアップに関する注意事項:

ページのWikiソースを直接編集する手段がない

ただし、別形式(XML)での表示、従来のWikiマークアップを入力して挿入することは可能です。

特定のリンクが「編集」できない（gakunin.jpショートカット, 自動生成されたリンク）

以下の場合を除いて「リンク解除」はできるので、削除して再度リンクを作成してください。
同じ理由で、当該リンクをポイントした状態での「リンク」ボタンも機能しません。

移行されたコンテンツのリンクが「リンク解除」もできない

該当部分を含めてコピー&ペーストすれば、ペーストしたものに関してはリンク解除が可能です。

本文最下部の子ページ情報

これまで本文最下部に表示されていた子ページの情報が、左サイドバーに表示されるようになります。また、左サイドバーはデフォルトで閉じた状態で表示されます。
このレイアウトに依存しているページは若干影響を受けるかもしれません。
子ページの情報をページ末尾に表示したい場合もしくは左サイドバーにページ階層構造を表示したい場合は Documentation Theme をご利用ください。

バージョンアップ時の更新履歴が各ページに追加される

移行された一部のページに
Corrected links that should have been relative instead of absolute.
もしくは
(Migrated to Confluence 4.0)
もしくは
JIRA Issue macro params updated with additional server info
もしくは
Migration of unmigrated content due to installation of a new plugin
のような更新履歴が残ります。その更新はバージョンアップ前の当該ページの最後の更新の日付で行なわれたことになり、更新者も最後の更新者になるようです。