Error Message: SAML 2 SSO profile is not configured for relying party https://sp.example.ac.jp/shibboleth-sp
→relying-party.xmlにこのSPだけに対する特殊な<RelyingParty>設定があり、かつその中に SAML2SSOProfile の設定が抜けているとこのエラーになります。
もしくは、このSPが最近追加されたものである場合、IdPが最新のメタデータ取得に失敗している可能性があります。