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JDCat分析ツールは、NIIが運用するBinderというシステムを利用して、分析環境(JupyterHubを含むコンテナ環境)を自動的に構築・提供するサービスです。ユーザーは自分専用の分析環境をNIIのクラウド上に構築し、Jupyter NotebookやRStudioを使って任意の分析プログラムを作成・実行することができます。

Binderの機能を使うと、任意の依存パッケージがインストールされた分析環境を他のユーザーに提供する(自動構築させる)ことができます。この分析環境には、プログラムコードやデータファイルを含めておくこともできます。多数の受講者に同一の分析環境を使わせる講義・演習などの用途に便利です。

この機能を使うには、GitHubから新しい分析環境を作ります。

  1. GitHubに公開リポジトリを用意し、次のファイルを置きます。不要なファイルは省略可能です。
    サンプル … https://github.com/ikfj/JDCat-base

    • apt.txt … インストールするDebianパッケージを指定します。1行に1個のパッケージ名を書きます。
    • environment.yml … インストールするcondaパッケージを指定します。
    • postBuild … インストール後、起動直前に実行するコマンドを指定します。
    • その他、Binderのマニュアルにある定義ファイルが利用可能です。
       
    • 定義ファイルの他に、任意のプログラムコード (Jupyter Notebook) やデータファイルを置くことができます。
      • GitHubに置くファイルサイズは100MB程度までを目安とし、大きいファイルは環境構築後にダウンロードするようにしてください。

    • 活用例として次のリポジトリが参考になります。
  2. https://binder.cs.rcos.nii.ac.jp/ にアクセスし、「GitHub repository name or URL」テキストボックスにGitHubのURLを入力します。



  3. 「Copy the URL below and share your Binder with others」の下に表示されたURLをコピーします。他のユーザーに同じ分析環境を構築させるには、このURLを伝えます。

  4. コピーしたURLにアクセスするか、橙色の「launch」ボタンをクリックします。

  5. ログイン画面が表示されます。所属機関から「Orthros」を選び、「選択」ボタンをクリックします。


  6. 新しい分析環境が作成されます。リポジトリのサイズによって、最大15分ほどお待ちいただく場合があります。

  7. 新しい分析環境でJupyterLabが起動します。



    • PCにあるファイルをアップロードするには、左側のサイドバー領域にファイルをドラッグ&ドロップします。
    • Jupyter Notebookを使ってPythonやRのプログラムを書くには、「Python 3 (ipykernel)」または「R」を選択します。
    • RStudioを使うには、「RStudio」を選択します。
    • この分析環境を削除したり、ご自身が作った他の分析環境へ切り替えたりするには、メニューから「File」→「Hub Control Panel」をクリックするか、https://jupyter.cs.rcos.nii.ac.jp/ にアクセスします。
    • 従来の JupyterHub 画面に切り替えるには、URL末尾の「/lab」を「/tree」に書き換えてEnterキーを押します。
       
  8. 作業が終わったら、この分析環境を削除します。→ 分析環境を削除する

    • 一人のユーザーが同時に持てる分析環境は10個までです(2023年10月現在)。この数に達すると、Binderの画面でエラーが発生し、新しい分析環境を作れません。
    • 分析環境を使用せず放置した場合、30日経過後にNIIの管理者が削除させていただきます。
       
  9. 分析環境をお持ちの方には、システムのメンテナンス予告などの情報をお知らせするため、NIIからメールが届く場合があります。ご了承ください。


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